La mieloencefalitis protozoaria equina se puede tratar con sulfonamidas y pirimetamina. Se han utilizado otras drogas que incluyen diclazuril, totrazuril y Ponazuril. Además, se pueden administrar todos los medicamentos antiinflamatorios o vitamina E, y es posible que se requieran cuidados paliativos. Se ha propuesto el uso de drogas inmunomoduladoras, fundamentado en la sospecha de que Sarcocystis puede aparecer con mayor frecuencia en pacientes inmunodeprimidos. El tratamiento puede ser necesario durante períodos prolongados. Se utilizó amprolio como profilaxis para reducir los signos clínicos en infecciones experimentales en ganado bovino. En ovejas infectadas experimentalmente se utiliza amprolio y salinomicina. Hasta la fecha, el tratamiento terapéutico en ganado bovino y ovino no ha sido efectivo.
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